ここで削除するのはPC内の公開用ファイルです。作業中のサイトデータや、サーバーへ送ったファイルとは場所が異なります。共用の生成先を使っている場合は、他のサイトのファイルを選んでいないか確認してください。
サイト生成後に生成したファイルを削除したい場合上部ツールバーの「生成先」ボタンをクリックすることでサイト生成先フォルダが表示されます。こちらから削除したいファイルを選択し、右クリック→「削除」を選択することで生成先のファイルを削除することが可能です。